Τα ενδημικά φυτά κατέχουν ξεχωριστή θέση στην κυπριακή χλωρίδα, γιατί η ύπαρξή τους περιορίζεται μόνο στις φυτοκοινωνίες του νησιού μας. Ορισμένα ενδημικά είδη έχουν τεθεί υπό προστασία γιατί είναι ιδιαίτερα σπάνια.

Στο βοτανόκηπό περιλαμβάνει: